Embora o presbiterianismo crescesse, espalhando-se pelas diversas regiões do país, com suas igrejas, escolas e outras atividades, é necessário pensar que esse crescimento não aconteceu como uma ilha de paz.
Em 1889, havia 52 igrejas organizadas no Brasil e centenas de pontos de pregação. Os pastores nacionais são 13, fora as escolas e alguns hospitais. Toda essa estrutura é sustentada pelos comitês de missões americanas.
Dois comitês dirigem as missões brasileiras: Nashville e New York, igreja sulista e igreja nortista. Em território americano, sulistas e nortistas presbiterianos estão em franca dissensão sobre o apoio ou não aos republicanos ou aos confederados. No Brasil, trabalham juntos, mas não sem diferenças.
As crises políticas e econômicas americanas influem e pressionam as missões nacionais. Enquanto, por lá, o dinheiro diminui, as necessidades da obra missionário no Brasil só aumentam. Uma grande discussão toma lugar no Brasil, no decorrer da última década do século XIX: o sustento da igreja deve caber primordialmente aos nacionais?
Em 1886 o Presbitério do Rio assume o Plano de Missões Nacionais e em 1887 cria-se uma revista de missões nacionais, com a finalidade de levantar fundos em todas as igrejas, para que as mais ricas ajudem no sustento das mais pobres. Para dirigir esse projeto fora designado o eloquente e jovem Rev. Eduardo Carlos Pereira (pastor da Primeira Igreja Presbiteriana de São Paulo).
Os anos se passam e o Plano de Missões Nacionais alcança muita adesão das igrejas brasileiras. Sob o comando de Eduardo C. Pereira, um grande número de representantes da a revista de Missões Nacionais, em sua grande maioria, leigos das igrejas locais, comandam uma nova etapa do presbiterianismo nacional. A revista anunciava a plantação de novas igrejas, as vitórias de cada campo e estimulava a participação dos membros na evangelização de todo o território nacional.
O projeto de crescimento nacional ainda dependia, e muito, das ofertas vindas das missões americanas. Essas tinham perspectivas diferentes sobre como fazer o trabalho. E impunham uma série de exigências para que os nacionais cumprissem. E, principalmente no campo educacional, propunham que suas escolas, em particular o Colégio Protestante de São Paulo se valesse de seu prestígio para influenciar a sociedade brasileira. Por outro lado, Eduardo C. Pereira, que estava à frente dos pastores nacionais, entendia que essa educação deveria ser oferecida primordialmente à igreja.
Essas diferenças e a crescente adesão ao Plano Missionário Nacional foram dando forma ao pensamento de E.C. Pereira e muitos outros pastores e presbíteros brasileiros. A necessidade de uma igreja sem a ingerência das juntas americanas havia se tornado um elemento de grande importância para este grupo.
Outras questões comporão, ao lado desta, os fatores motivadores para que no ano de 1903, a Igreja Presbiteriana do Brasil sofresse o seu primeiro cisma, que deu origem à Igreja Presbiteriana Independente do Brasil.
(fontes consultadas: Anais da 1ª Igreja de São Paulo 1863-1903 - autor: Vicente Themudo Lessa; A igreja Presbiteriana no Brasil, da autonomia ao cisma - autor: Boanerges Ribeiro).
(fontes consultadas: Anais da 1ª Igreja de São Paulo 1863-1903 - autor: Vicente Themudo Lessa; A igreja Presbiteriana no Brasil, da autonomia ao cisma - autor: Boanerges Ribeiro).